José Fagnano nació el 9 de marzo de 1844 en Rocchetta Tánaro, Reino del Piamonte. Comenzó el seminario a los doce años. Durante un periodo fue voluntario de la Cruz Roja en las tropas de Giuseppe Garibaldi, pero prefirió seguir con sus estudios religiosos. Entró en el oratorio de Don Bosco en 1860, profesó en 1864 y en 1868 fue ordenado sacerdote.
Tenía 31 años cuando llegó a la Argentina en 1875 con el primer grupo misionero salesiano a cargo de don Cagliero. El 1 de febrero de 1876 y hasta 1880 asumió como director del colegio de San Nicolás de los Arroyos, que fue la primera institución educativa salesiana en el continente americano.
En noviembre de 1879 Don Bosco le adelantó, por carta, que podía ser elegido para ir a la Patagonia, y en 1880 empezó su obra misional como párroco de Carmen de Patagones. Allí, a pesar de ser atacado por la prensa, fundó dos colegios: el “San José” para varones y “Nuestra Señora de las Indias” para niñas; formó una banda de música con los chicos de la escuela y gestionó la instalación del Banco Nación. Fagnano construyó un observatorio que comenzó a prestar importantes servicios gracias a la capacidad y formación de Stefenelli. Misionó por Pringles, Conesa, Guardia Mitre, Colonia Roca y llegó hasta el Nahuel Huapi. Había considerado fundar una colonia indígena a las puertas de la patagonia, para la atención de los tehuelches y araucanos, con la intención de elevar sus condiciones de vida.
El 16 de noviembre de 1883 la Santa Sede creó la Prefectura Apostólica de la Patagonia y nombró al padre José Fagnano Prefecto Apostólico de la Patagonia Meridional, Tierra del Fuego y Malvinas, con el título de monseñor. Era una jurisdicción binacional que abarcaba desde Punta Arenas hasta las Islas Malvinas.
Llegó a la Isla Grande de Tierra del Fuego el 21 de noviembre de 1886 en la expedición del militar Ramón Lista, desembarcando en la bahía de San Sebastián. Se interpuso temerariamente a la matanza de originarios para hacer cesar la masacre. Recorrió la Tierra del Fuego hasta Bahía Thetis donde rezó la Misa el 13 de enero de 1887.
El 21 de julio de 1887 fijó su sede en Punta Arenas y el 16 de agosto fundó el Liceo Salesiano San José, primero de los cuatro colegios salesianos de la ciudad. Entre otras iniciativas culturales, promovió la instalación del observatorio meteorológico de Punta Arenas, el museo regional y el templo mayor.
En la Isla Dawson fundó la Misión de San Rafael el 14 de febrero de 1889 para los kawéskar, isla que alquiló por 20 años, y luego debió dejar, perdiendo todas las construcciones. En 1892 recorrió a caballo la zona norte de la isla Grande de Tierra del Fuego junto al padre Beauvoir, eligiendo el lugar para establecer la Misión de la Candelaria, destinada a los selk’nam, para enseñarles el cuidado de los ovinos y la venta de la lana y de los corderos. Los misioneros de Río Grande, Ushuaia, Malvinas, e Isla Dawson todos los años recibían la visita de monseñor Fagnano. Para abastecer a las misiones, había adquirido la goleta María Auxiliadora y luego el vapor Turín, para transportar víveres, elementos de construcción y animales.
Emprendedor y audaz, monseñor Fagnano fue muchas veces arriesgado en la administración y vivió envuelto en una multitud de deudas, sin embargo, así lo describe el misionero Maggiorino Borgatello en una carta a Don Rúa, sucesor de Don Bosco, el 20 de agosto de 1894: “Verdaderamente admiro el sacrificio a que debe sobreponerse nuestro pobre y carísimo Monseñor Fagnano. Siempre en la brecha, animado del mejor celo de la gloria de Dios y la salvación de las almas, no conoce peligros de ninguna clase y estimula a todos con su noble ejemplo. ¡Yo me avergüenzo de compararme con él!” (Bruno, 1981. Tomo I, p. 452).
Monseñor José Fagnano falleció a causa de una hemiplejia en Santiago de Chile el 18 de septiembre de 1916. Sus restos descansan en la catedral del Sagrado Corazón de Jesús en Punta Arenas, a ambos lados de su mausoleo donde hacen guardia dos indios: un selknam y un kaweskar.