La presencia salesiana en Puerto Santa Cruz se reaviva el 15 de mayo de 1904, cuando llegan en el vapor Lovart el prefecto apostólico Mons. José Fagnano, el padre Ludovico Dabrowsky (primer director), el coadjutor Benjamín Motter y las Hermanas de María Auxiliadora: María Gutiérrez (directora), Margarita Álvarez y Adela Alarcón.
Esta llegada marca el inicio de una obra educativa y pastoral estable, con colegio, escuela de niñas y parroquia. Entre 1904 y 1924, la obra salesiana se caracteriza por: Escuela primaria para varones (Salesianos) y escuela para niñas (Hijas de María Auxiliadora); catequesis, oratorio festivo y actividades recreativas. La tarea educativa, siguiendo el espíritu salesiano, trasciende lo escolar: visitas a familias, actividades culturales, apoyo a la vida parroquial y presencia en celebraciones locales, además de viajes a lugares cercanos. En 1908, bajo la dirección del padre José Crema, se inicia la construcción de la nueva iglesia parroquial, según planos del arquitecto salesiano Juan Bernabé. El 14 de septiembre de 1908 monseñor Fagnano bendijo y colocó la piedra fundamental. Cabe afirmar, entonces, que la congregación se dedicó principalmente a la educación de niños y jóvenes.
Como nota distintiva puede decirse que, en el caso de este colegio de Puerto Santa Cruz, se implementó lo dispuesto por el Decreto del 9 de agosto de 1894 que establecía que en los Territorios Nacionales del Sur, mientras no existieran cárceles o asilos adecuados, las mujeres y menores que delinquieran serían entregadas a la custodia de los salesianos. En la década del 30 ingresaron, por disposición del Patronato de Menores o del Juez de Paz, varios niños tanto abandonados como huérfanos, pobres, dementes, de familia numerosa o indígenas. Posteriormente la Congregación no siguió aceptando estos niños debido a que, sugiere Milagros Pierini, las partidas otorgadas por las autoridades nacionales eran muy reducidas y a que el ingreso de niños delincuentes perjudicaba la buena marcha del alumnado.