La presencia salesiana en Puerto Deseado se inició el 12 de marzo de 1926, cuando los sacerdotes José María Beauvoir (1850-1930) y Félix Stevenne (1887-1933) fundaron la Casa Salesiana San José. La obra nació en un contexto de aislamiento geográfico y fuerte crecimiento portuario, donde la educación y el acompañamiento pastoral eran necesidades urgentes para las familias de la zona.
En sus primeros años, la casa enfrentó dificultades materiales, escasez de recursos y las condiciones climáticas propias de la región. A pesar de ello, los salesianos consolidaron una escuela, un oratorio festivo y una presencia parroquial estable, convirtiéndose en un punto de referencia para niños, jóvenes y trabajadores del puerto. La obra creció gracias al apoyo de la comunidad y al trabajo conjunto con las Hijas de María Auxiliadora, que también desarrollaron tareas educativas y pastorales en la localidad.
A lo largo de las décadas, la Casa San José atravesó cambios institucionales, por ejemplo, en sus comienzos contaba sólo con la sección primaria, únicamente de varones, tanto pupilos como externos, pero entre 1944 y 1947 se desarrolló el Secundario Comercial dando respuesta a los alumnos que concluían 6° grado y querían continuar sus estudios. Esto conllevó a ampliaciones edilicias, reorganización de niveles educativos y la incorporación de nuevas propuestas pastorales. La escuela se fortaleció como espacio formativo y la obra se integró plenamente en la vida social de Puerto Deseado, acompañando generaciones de estudiantes y familias. Desde 1975 y siempre atento a las necesidades juveniles del lugar, el colegio apostó a la coeducación.
Esta “presencia misionera salesiana”, se une a los colegios y presencias que se encuentran en la Ciudad capital de Río Gallegos (Colegio Ntra. Sra. De Luján y Colegio Domingo Savio); y en la ciudad de Caleta Olivia (Colegio san José Obrero). Todos forman parte de la Inspectoría Salesiana “Beato Ceferino Namuncurá” (Argentina Sur – ARS) con Sede en la Ciudad Autónoma de Buenos Aires, en el barrio de Almagro.
En el siglo XXI, la casa profundizó su identidad como obra educativo-pastoral, articulando escuela, parroquia y grupos juveniles. Las celebraciones de Don Bosco, María Auxiliadora y Pentecostés se consolidaron como momentos comunitarios significativos. En 2026, la institución inició los festejos por su Centenario, reafirmando su misión de educar y evangelizar según el carisma de Don Bosco.
Hoy, la Casa Salesiana San José continúa activa y es parte de la Obra Salesiana de Puerto Deseado, integrada por la única Parroquia “Nuestra Señora De la Guardia”; Capilla “San Juan Bosco”; Centro comunitario y Capilla “José Koltún”, Batallón 91 de Exploradores “Pablo Barton”; Oratorio; Centro Juvenil y miembros de la Familia Salesiana (Salesianos – Salesianos Cooperadores).